Fundada por António Malaguti em 1930, a marca transalpina começou por construir bicicletas até 1958, produzindo desde então mais de dois milhões de ciclomotores e motociclos de 50 a 500cc até 2011.
Nascida em Bolonha como loja de revenda e reparação de bicicletas graças a António Malaguti, um jovem de vinte e dois anos que em meados dos anos vinte tinha sido um ciclista promissor, a empresa rapidamente se tornou um fabricante de bicicletas conceituado, ainda que limitado inicialmente à região de Bolonha.
Quando estourou a Segunda Guerra Mundial, as fábricas da Malaguti sobreviveram sem grandes danos, ao contrário das oficinas vizinhas, as da Ducati que foram quase totalmente destruídas pelos bombardeamentos. A empresa opta então por uma estratégia de diversificação e lança-se na produção de diversos eletrodomésticos. Contudo, com o final da guerra, a marca lança uma gama de bicicletas com motores alemães de 49 cc a dois tempos: o German Espress Werke.
Estes motores encontram rapidamente o seu lugar no mercado europeu e americano. No início da década de ‘60, os veículos de duas rodas com o nome Malaguti são equipados com um depósito de forma estranha, recebendo a alcunha de Gobbo, ou seja, “corcunda” em bom português. O principal produto da pequena firma transalpina era então a Olympique, que se apresentava como uma verdadeira moto pequena, destacando-se em especial pela sua forquilha telescópica e sua suspensão traseira com molas visíveis e o seu guiador fechado.
Até à primeira metade dos anos sessenta, a produção de Malaguti destinava-se exclusivamente aos ciclomotores económicos, destinados ao transporte de objetos e pessoas, mas o boom económico e a motorização em massa, forçaram a construção de ciclomotores para uso recreativo para os mais novos condutores. Assim, em 1963, após a celebração de um contrato de fornecimento com a Motori Franco Morini, foram apresentadas as 50 desportivas Gransport, que obtiveram um bom sucesso de vendas, particularmente no mercado francês, onde foram vendida sob o nome de 50 Olympique. Na segunda metade dos anos sessenta, à versão renovada do 50 Gransport, equipada com um impressionante tubo de escape bilateral duplo, junta-se ao modelo 50 Roncobilaccio, um dos primeiros ciclomotores italianos para offroad.
Nas décadas seguintes, outros modelos com sucesso viram a luz do dia, como a Cinquenta de 1974, um dos ciclomotores de maior sucesso, surgindo posteriormente a Malaguti Track, Drop e a Dribbling. Em 1985 foi apresentada a Malaguti Runner 125, uma moto de enduro.
Por fim, o fabricante acaba por avançar para o design das scooters com uma gama muito ampla que incluia a Centro, a Crosser e Madison. Isto é no fundo a tábua de salvação do fabricante. Em 1994, foi apresentada a Phantom F12, uma scooter que andou no topo das vendas até 2007, antes de ser substituída pela Phantom F12R.
Em 2018 a marca foi adquirida pela empresa austríaca KSR Group.
